1998年，全县辖9区，3镇，41乡：尧渡区、东流区、大渡口区、香隅区、昭潭区、官港区、胜利区、张溪区、葛公区，尧渡镇、东流镇、大渡口镇，张溪乡、官港乡、昭潭乡、洋湖乡、泥溪乡、高山乡、建新乡、坦埠乡、白笏乡、胜利乡、瓦垄乡、木塔乡、利安乡、铁炉乡、花园里乡、西湾乡、马坑乡、青山乡、东胜乡、徐村乡、良田乡、长安乡、长岭乡、七里湖乡、杨桥乡、新庭乡、八都湖乡、新丰乡、庆丰乡、永丰乡、石城乡、汪坡乡、五丰乡、合镇乡、临江乡、香口乡、姜坝乡、查桥乡、马田乡、平原乡、洪方乡。
　　1992年，撤销徐村乡、良田乡，并入尧渡镇；撤销长安乡、长岭乡、七里湖乡，并入东流镇；撤销杨桥乡、新庭乡、八都湖乡、新丰乡、庆丰乡，并入大渡口镇；撤销合镇乡、临江乡、香口乡，合并设立香隅镇；撤销昭潭乡、永丰乡，合并设立昭潭镇；撤销官港乡、石城乡，合并设立官港镇；撤销胜利乡、姜坝乡，合并设立胜利镇；撤销张溪乡、汪坡乡、五丰乡，合并设立张溪镇；撤销洋湖乡，设立洋湖镇；撤销洪方乡，并入平原乡；撤销马田乡，并入查桥乡。行政区划调整后，全县辖9镇16乡：尧渡镇、东流镇、大渡口镇、香隅镇、昭潭镇、官港镇、胜利镇、张溪镇、洋湖镇、平原乡、查桥乡、泥溪乡、高山乡、建新乡、坦埠乡、白笏乡、瓦垄乡、木塔乡、利安乡、铁炉乡、花园里乡、西湾乡、马坑乡、青山乡、东胜乡。
　　1993年，撤销平原乡，设立葛公镇。1994年，撤销东胜乡，设立龙泉镇，镇政府由黄荆港迁至龙泉。
　　1995年，从尧渡镇析出良田乡；从大渡口镇析出杨桥乡、庆丰乡；从葛公镇析出洪方乡；从张溪镇析出汪坡乡；从东流镇析出七里湖乡；从官港镇析出石城乡。行政区划调整后，全县辖11镇21乡：尧渡镇、东流镇、大渡口镇、香隅镇、昭潭镇、龙泉镇、官港镇、胜利镇、张溪镇、洋湖镇、葛公镇、查桥乡、泥溪乡、高山乡、建新乡、坦埠乡、白笏乡、瓦垄乡、木塔乡、利安乡、铁炉乡、花园里乡、西湾乡、马坑乡、青山乡、良田乡、杨桥乡、庆丰乡、洪方乡、汪坡乡、七里湖乡、石城乡。
　　
　　2000年，东至县辖11个镇、21个乡。　根据第五次人口普查数据：全县总人口475194人，其中：尧渡镇 45539人、东流镇 26443人、大渡口镇 29195人、胜利镇 34580人、张溪镇 20077人、洋湖镇 19249人、葛公镇 15383人、香隅镇 33479人、官港镇 17530人、昭潭镇 19231人、龙泉镇 15726人、庆丰乡 13768人、杨桥乡 17618人、瓦垄乡 13866人、白笏乡 10191人、坦埠乡 9103人、汪坡乡 8838人、高山乡 7685人、洪方乡 6564人、查桥乡 12076人、七里湖乡 6970人、建新乡 8432人、良田乡 6103人、花园里乡 6901人、马坑乡 4338人、利安乡 8135人、木塔乡 6783人、石城乡 8315人、泥溪乡 15186人、西湾乡 6082人、青山乡 13954人、铁炉乡 7854人。

　　2001年，撤销良田乡，并入尧渡镇；撤销杨桥乡、庆丰乡，并入大渡口镇。全县村委会数由2000年底的360个减少到358个：张溪镇六联村、沿河村、复兴村合并为六联村。调整后，东至县辖11个镇、18个乡，共有13个居委会、358个村委会：尧渡镇、东流镇、大渡口镇、胜利镇、张溪镇、洋湖镇、葛公镇、香隅镇、官港镇、昭潭镇、龙泉镇、瓦垄乡、白笏乡、坦埠乡、汪坡乡、高山乡、洪方乡、查桥乡、七里湖乡、建新乡、花园里乡、马坑乡、利安乡、木塔乡、石城乡、泥溪乡、西湾乡、青山乡、铁炉乡。
　　2004年底，东至县辖11个镇、18个乡：尧渡镇、东流镇、大渡口镇、胜利镇、张溪镇、洋湖镇、葛公镇、香隅镇、官港镇、昭潭镇、龙泉镇、瓦垄乡、白笏乡、坦埠乡、汪坡乡、高山乡、洪方乡、查桥乡、七里湖乡、建新乡、花园里乡、马坑乡、利安乡、木塔乡、石城乡、泥溪乡、西湾乡、青山乡、铁炉乡。
　　2007年2月1日，省、市政府正式批准东至县乡镇行政区划调整方案：将原有11个镇、18个乡调整为12个镇、3个乡。此次行政区划调整前，29个乡镇平均人口在1.84万人左右，其中有21个乡镇在2万人以下，最小的乡镇只有4600人。调整后，最大的乡镇达388平方千米，最小的乡镇也有100平方千米；人口最多的乡镇达7.5万，最少的乡镇也达到1.22万。2月5日东至县召开全县乡镇行政区划调整工作动员大会。此次乡镇行政区划调整从2007年1月上旬开始至2007年2月底完成。具体方案为：
　　将查桥乡、建新乡整建制并入尧渡镇。调整后的尧渡镇辖39个村（居）委会，面积388平方千米，人口75619人。镇政府驻尧渡街。
　　将七里湖乡整建制并入东流镇。调整后的东流镇辖15个村（居）委会，面积120平方千米，人口33355人。镇政府驻东流。
　　将瓦垄乡整建制并入胜利镇。调整后的胜利镇辖21个村委会，面积145平方千米，人口58191人。镇政府驻胜利集镇。
　　将汪坡乡、坦埠乡、白笏乡整建制并入张溪镇。调整后的张溪镇辖26个村（居）委会，面积264平方千米，人口58461人。镇政府驻张溪。
　　将高山乡整建制并入洋湖镇。调整后的洋湖镇辖14个村委会，面积180平方千米，人口31433人。镇政府驻洋湖。
　　将洪方乡整建制并入葛公镇。调整后的葛公镇辖16个村委会，面积251平方千米，人口25616人。镇政府驻葛公。
　　将石城乡整建制并入官港镇。调整后的官港镇辖16个村委会，面积243平方千米，人口29044人。镇政府驻官港。
　　将铁炉乡整建制并入龙泉镇。调整后的龙泉镇辖15个村（居）委会，面积187平方千米，人口27097人。镇政府驻龙泉湾。
　　将西湾乡、泥溪乡整建制合并，设立泥溪镇，辖13个村委会，面积183平方千米，人口24251人。镇政府驻泥溪冲。
　　将利安乡、木塔乡整建制合并，设立新的木塔乡，辖13个村委会，面积240平方千米，人口16668人。乡政府驻木塔。
　　将马坑乡、花园里乡整建制合并，设立新的花园里乡，辖14个村委会，面积249平方千米，人口12285人。乡政府驻花园。
　　保留大渡口镇、香隅镇、昭潭镇、青山乡。